La Calidad de Vida fue el lema central que condujo a la fundación de la Universidad, por parte de un grupo de profesionales, en su mayoría integrantes o afiliados al Instituto Privado de Psicología Médica (IPPEM), su Director, el Dr. Roberto Kertész, es también Rector de la Universidad de Flores, además, otros miembros del Instituto desempeñan funciones directivas en la misma. Las nuevas ciencias del comportamiento no eran enseñadas en universidades argentinas, por lo que surgió inicialmente la idea de crear una Facultad de Psicología. De este modo, el grupo del IPPEM trascendería la enseñanza como sociedad científica, accediendo a la formación de profesionales universitarios en las nuevas disciplinas. Posteriormente el grupo de trabajo entendió que, para propender a la calidad de vida, deberían cubrir otros ámbitos de conocimientos indispensables para lograrla. Es así, como surgió la decisión de implementar otras carreras tales como: de Actividad Física y Deporte (cuidado del cuerpo y de la salud), Ingeniería en Ecología (cuidado del medio ambiente), Arquitectura (diseño del hábitat digno), Administración y Contador (para el enfoque interdisciplinario de las Pymes y empresas familiares) y Derecho (orientado a la resolución alternativa de conflictos y la mediación).

La Universidad nació entonces como una propuesta innovadora dentro del espectro educativo nacional, apuntada a desarrollar profesionales capaces de aplicar los principios rectores de respeto y mejora continua hacia el logro de una mayor Calidad de Vida. Esta innovación se reflejó en la oferta, en cuanto a carreras y sus contenidos, el enfoque interdisciplinario y el perfil de sus docentes, con impecables antecedentes profesionales y docentes, unidos a una alta valoración de la relación humana con el alumnado. También se consideró la gran base poblacional y la importante tradición cultural y educativa existente en la zona de Flores y Caballito, necesarias para el surgimiento de una institución universitaria. Luego de un seminario sobre Prevención y Solución de la Violencia Escolar y Familiar en la ciudad de Cipoletti -provincia de Río Negro- en 1996, y en base a propuestas de la población local, a partir de 1997 se estableció una Subsede en dicha ciudad, con influencia en la zona del Comahue.